Fue hasta 1991, tras la insistencia social para que existiera un museo dedicado a las bellas artes, que las autoridades estatales y el sector privado inician el rescate del recinto. En 1993 se crea la fundación MACAY para la operación y administración del museo contando con la asesoría del Centro de Investigaciones y Servicios Museológicos de la UNAM.
El 31 de enero de 1994 el edificio es entregado en comodato a la fundación MACAY por parte del Gobierno del Estado, y el 29 de abril del mismo año inicia la operación del Museo de Arte Contemporáneo Ateneo de Yucatán.
El museo alberga obras de los más destacados artistas de la plástica yucateca, de la cual hay exposiciones permanentes de Fernando García Ponce, Fernando Castro Pacheco y Gabriel Ramírez Aznar. En las exposiciones temporales se incluyen a los nuevos valores de la plástica en la Península y de grandes figuras de México y el mundo que, en el caso de la escultura, ocupan el Pasaje de Revolución.
